Em 2029, o mundo se tornou um local altamente informatizado. Dados flutuam por complexas redes corporativas e o cérebro também pode receber todo este fluxo de informação. Além disso, a troca de próteses e membros se tornaram tão comuns e avançados que toda a carne pode ser facilmente substituída por um corpo cibernético. É neste universo que a Major Motoko Kusanagi e sua equipe combatem crimes de ciberterrorismo e precisam deter um hacker poderoso chamado de Mestre dos Fantoches