Crimes impossíveis de serem cometidos ocorrem na cidade, os autores são identificados: criaturas chamadas de "Unknown". Makoto Hikawa, do Esquadrão de Combate, utiliza uma super armadura chamada G3 para conter os Unknown. "Kamen Rider Agito" conta a história de Shouichi Tsugami, Ryou Ashihara e Makoto interligando-se com os mistérios por trás dos Unknowns e de artefatos misteriosos.