Pela primeira vez em toda a narrativa de Eureka Seven o filme se passa em Tóquio. Centra-se em Anemone, uma garota que perdeu o pai na batalha de Tóquio, que aconteceu sete anos antes da história do filme, deixando-o apenas com o seu peluche Gulliver e a Inteligência Artificial Dominikids para apoio emocional. Ela é uma parte essencial na estratégia para derrotar o sétimo Eureka, “Eureka Seven”, um inimigo da humanidade que matou 2.6 bilhões de pessoas